Originalna drvena bogomolja je sagrađena 1894. godine, kada je postala dom za 25 dečaka, siročadi koji su tu učili čitanje, pisanje i zanatske veštine. Izgradnji je prethodilo podizanje Carskog Krsta visokog preko 10 metara na Beloj gori 1891. godine, u znak zahvalnosti što je carević Nikolaj (kasnije car Nikolaj II) preživeo atentat u Japanu. U septembru 1897. godine u manastir je stiglo prvih pet svetih ikona. Samo mesec dana kasnije cela drvena građevina je izgorela do temelja.

Izgradnja nove zgrade manastira na dva sprata počela je 1902. godine, ali je završena tek nakon petnaest godina. U tom periodu, u manastiru je živeo veliki broj monaha koji su pomagali u gradnji i sami pekli ciglu kojom je manastir zidan. Bavili su se i poljoprivredom, stočarstvom, pčelarstvom i ribarenjem.

Kada je završen, 1917. godine, manastir je mogao da primi 8000 ljudi. Bio je opremljen savremenim sistemom ventilacije i grejanja. Unutrašnjost crkve je bila bogato dekorisana ikonama svetaca i religijskim motivima Ruske pravoslavne crkve sa detaljima od čistog zlata. Zvaničnoj ceremoniji otvaranja prisustvovalo je 30000 vernika. Izgrađena u vizantijskom stilu, po ugledu na kijevsku Crkvu sv. Vladimira, grandiozna crkva u sklopu manastira Belogorski na kratko je bila je ponos celog regiona.

Već 1918. godine, u manstir upadaju Boljševici i odvode arhimandrita Varlama u dolinu, gde ga ubijaju i njegovo telo bacaju u reku Kamu. Potom se vraćaju u manastir i maljem uništavaju manastirska zvona kao i brojne umetničke predmete. Mnogo monaha je stradalo u pokušaju da sačuvaju manastir od uništenja. Svi koji su se usudili da se suprotstave revolucionarima postrojeni su ispred zida crkve i streljani. Tragovi rupa od metaka su i danas vidljivi. Mnogi monasi su živi sahranjeni u masovnim grobnicama, a oni koji su imali sreće su samo proterani. Tokom nekoliko napada na manastir ubijeno je 34 monaha, a manastir je 1923. godine konačno zatvoren.

Tokom 1930-tih manastirske zgrade su korišćene kao zatvor za političke neistomišljenike, a početkom 1940-tih kao dom invalida. Tokom Drugog svetskog rata postao je rehabilitacioni centar za ranjenike, a nakon rata Dom za invalide i mentalno obolele sve do 1986. godine. Manastir je gotovo uništen 1980. godine kada je jedan psihijatrijski pacijent podmetnuo požar na krovu. Sve kupole su tada oštećene.

Ideja o rekonstrukciji manastira se rodila 1988/89. godine, tokom proslave 1000. godišnjice hrišćanizacije Kijevske Rusije. Kompletna restauracija je započeta 1993, a najveći deo radova je završen 2011. godine.