Jabuka i Brusnik su jedina dva hrvatska ostrva koja su u potpunosti vulkanskog porekla. Zajedno sa ostrvom Palagruža, koje je samo delimično vulkanskog porekla, ova ostrva čine Jadranski vulkanski trougao. Brusnik, Jabuka, kao i neki delovi Komiškog zaliva na ostrvu Vis, nastali su erupcijom magme tokom loma praistorijskog kontinenta Pangea pre više od 200 miliona godina.

Magnetna svojstva Jabuke potiču od magnetita, prirodno prisutnog oksida gvožđa iz grupe spinela. Kada se brodovi približe ostrvu, snažan magnet izaziva nekontrolisano kretanje igala kompasa i čini ovu nautičku spravu beskorisnom. Srećom, Jabuka se nalazi izvan glavnih plovnih puteva, pa ne remeti pomorski saobraćaj.

Brodovi se retko viđaju oko Jabuke jer obala nije pogodna za usidrenje, a snažni vetrovi kojima je izložena izazivaju visoke talase i predstavljaju stalnu pretnju da se plovilo olupa o vulkanske stene. Čak ni vode koje ga okružuju, izuzetno bogate kvalitetnom ribom zubatac, ne privlače ribare jer je rizik prevelik. Surovu klimu dobro podnose samo dve endemske biljke: crna gušterica (Lacerta fiumana pomoensis) i jabučka zečina (Centaurea jabukensis).

Do pre 50 godina, ovde je bio prisutan i endemski karanfil (Dianthus multinervis), koji nažalost više ne postoji.